El Instituto toma el nombre de uno de los marinos y científicos más notables de nuestra historia, Jorge Juan, el sabio español , como se le llamó en la Europa de su época, cuya vida estuvo cuajada de viajes, libros, trabajos y aventuras.
Las dos grandes pasiones de Jorge Juan fueron el mar y las matemáticas, siendo uno de los marinos que convirtieron el arte de navegar en ciencia de la navegación y uno de los científicos que contribuyeron a resolver el antiquísimo problema de la verdadera forma de la Tierra.
Jorge Juan nació en 1713 junto al mar Mediterráneo, en Novelda, una población de la actual provincia de Alicante. Quedó huérfano a los tres años, por lo que su tío, fray Cipriano Juan, pasó a ocuparse directamente de su educación y cuidado. A él debió Jorge Juan su temprana afición por los libros, las letras y el mar.
El pequeño Juan realizó sus primeros estudios en Alicante y Zaragoza, y con sólo doce años su tío lo envió a la isla de Malta, para que se convirtiera en caballero de la Orden de Malta.
En aquella isla permaneció hasta 1729, año en que regresó a España. Fue entonces cuando decidió hacerse marino. En 1730, con 17 años, ingresó en la Academia de Guardias Marinas de Cádiz en la que estudió hasta 1734, cruzando el Mediterráneo varias veces.
La gran empresa que le haría famoso, la expedición al Virreinato del Perú, la inicia a los 21 años, cuando es elegido, junto a Antonio de Ulloa, para acompañar a un grupo de sabios franceses que tenían como objetivo descubrir la verdadera forma de la tierra: su tamaño y la forma exacta de su esfericidad, mediante la medida de un grado de meridiano.
En mayo de 1735 zarparon desde Cádiz a las Indias dos fragatas: Conquistador e Incendio. El viaje se prolongó hasta 1744 y constituyó en su día una gran empresa científica internacional, plagada además de múltiples y dispersas hazañas biográficas de todos sus integrantes.
Tras su regreso, Jorge Juan se dedicó a la redacción de obras relacionadas con el viaje y a proyectos técnicos muy dispersos, entre los que destaca la creación del Observatorio de Marina , construido en Cádiz en 1753 y trasladado más tarde a San Fernando. En 1766 fijó su residencia en Madrid, donde murió el 21 de Junio de 1773.